菜鸟小白 差异分析只需要上传两个文件 1、表达谱矩阵,其中行为基因,列为样本。第一列为行名,其中行名不能重复 2、分组文件,包含两列信息,第一列为样本,第二列为分组,默认只有两组 在参数输入的过程中,一定有一个比较组和被比较组的名字,这两个名字一定要出现在分组文件中,这个非常重要。 问题1:文件上传格式不对,不是制表符分割的txt文件,这时候可以选择用excel打开文件,另存为制表符分割的txt文件 问题2:进行deseq2差异分析时,上传矩阵必须是count数据(就是整数,不能出现非数值或者小数,甚至是负数),如果你确定自己上传的都是整数,那么就需要检查一下分组文件样本和表达谱矩阵中样本名是不是对应的。 问题3:在进行edgeR进行差异分析时候,该报错信息就是表达谱数据存在非数值(一定要是整数) 问题4:上传数据行名有重复,这时候需要用去重工具,对表达谱数据进行去重,去重后重新投,如果发现依旧是该报错信息,这时候,打开分组文件,查看分组文件,样本名是否有重复,同时可以选择用txt导出导入工具保存分组文件(防止有空行的出现) 问题5:分组中必须包含2组,而目前提供的分组文件中只有一个分组,这时候需要查看自己分组文件,样本比对等等信息