在进行单/多变量cox分析时,出现以下报错,如何解决呢?
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"event must be 0(alive) or 1(dead)"
Error in round(tcga.cox$HR, 3) :
non-numeric argument to mathematical function
Execution halted
从报错的信息来看,错误的原因主要为生存时间的问题
首先我们来看正确的生存时间文件长什么样子
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第一列为样本,第二列为生存时间,第三列为生存状态
其中生存时间可以是天/月/年,生存状态必须为0-1的形式。以OS为例,0就是Alive,1就是Dead
这里我们看看部分用户的报错
第一个:错误原因为生存状态为1-2,这也是报错的原因
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第二个:第二列和第三列顺序颠倒
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问题2:这是因为我们做多因素cox分析的时候,基因数量过多导致的。
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问题3:该报错信息,需要查看上传的两个文件,第一列的数据出现重复,尤其是空行,最简单的方式就是用数据预处理中txt导出导入进行另存,如果矩阵过大,可以用excel打开另存。
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问题4:将特征数据中的字符串转化为数值,自己换成0-1这种即可
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问题5:上传的特征基因太多,多因素cox分析一般也就是做十几二十个的特征,有的用户就直接做个几万个基因,这种肯定是直接报错
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问题6:该问题与问题3不一样,主要是文件格式不对,非制表符分割的txt文件,最简单的方式就是用数据预处理中txt导出导入进行另存,如果矩阵过大,可以用excel打开另存。
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问题7:生存时间有非数值的存在
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