今天安装的是scMetabolism包，我们之前也曾介绍过安装R包先知道R包时存储在哪个平台上，是github,cran还是bioconductor？
我们常规的做法就是先百度搜
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这个很明显就是github包，直接点进去
拉下去会看到
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799764-120287-image.png]
这个包的依赖比较多，我们需要一个一个安装
首先运行
install.packages(c("devtools", "data.table",
"wesanderson", "Seurat", "devtools", "AUCell",
"GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd"))
之前，需先加载这几个包，是不是都存在，不存在的再去安装
检验R包是否存在
library(devtools)
library(data.table)
library(wesanderson)
library(Seurat)
library(AUCell)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(ggplot2)
library(rsvd)
可以多运行几次，这就说明这些依赖都有了
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799827-884433-image.png]
接下来运行
devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0")
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等待，直到出现，默认选择3，就是不做更新，当然这时候，有可能会失败，就是网络问题，来回测试即可。
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799870-279772-image.png]
当然很多用户会很顺利，一步就安装成功，这里肯定是不会顺利安装成功的。
不出意外，这里出现了报错，我们仔细观察一下报错信息，红色框框出来的就是缺少的依赖，一个一个装即可
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第一个loe包
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[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799918-334290-image.png]
下载，本地安装，这个包没有搜到安装命令，直接本地装即可
上传数据
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上传后
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[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799958-745236-image.png]
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799964-226942-image.png]
安装成功
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799977-624736-image.png]
第二个包plumber
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[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735799993-69819-image.png]
一般看到镜像包，我都会先用在线安装，他会自动安装一些依赖，如果在线安装失败，就会选择下载压缩包，进行手动安装。
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两个依赖包都安装成功后，接下来就是重新安装VISION包
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一样的操作，不要选择更新，所以输入3
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又开始报错，这个报错，说明这个包版本旧了，要重新安装
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安装成功
[upl-image-preview url=http://bbs.sxdyc.com/assets/files/2025-01-02/1735800065-548654-image.png]
再次安装VISION包
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这时候就安装成功了
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接下来安装scMetabolism包
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不要更新，直接输入3
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是不是这时候就安装成功了，加载R包查看
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装包是一个过程，学着看报错的信息，一步一步的进行，遇到报错不要着急，越慌越乱，我们装包都装了十来年了，在我们眼中，装包就是解决依赖的问题，依赖解决了，所有的结果都会顺利的带来！