今天安装的是scMetabolism包，我们之前也曾介绍过安装R包先知道R包时存储在哪个平台上，是github,cran还是bioconductor？我们常规的做法就是先百度搜这个很明显就是github包，直接点进去拉下去会看到这个包的依赖比较多，我们需要一个一个安装首先运行 install.packages(c("devtools", "data.table", "wesanderson", "Seurat", "devtools", "AUCell", "GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd")) if(window.hljsLoader && !document.currentScript.parentNode.hasAttribute('data-s9e-livepreview-onupdate')) { window.hljsLoader.highlightBlocks(document.currentScript.parentNode); } 之前，需先加载这几个包，是不是都存在，不存在的再去安装检验R包是否存在 library(devtools) library(data.table) library(wesanderson) library(Seurat) library(AUCell) library(GSEABase) library(GSVA) library(ggplot2) library(rsvd) if(window.hljsLoader && !document.currentScript.parentNode.hasAttribute('data-s9e-livepreview-onupdate')) { window.hljsLoader.highlightBlocks(document.currentScript.parentNode); } 可以多运行几次，这就说明这些依赖都有了接下来运行 devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0") 等待，直到出现，默认选择3，就是不做更新，当然这时候，有可能会失败，就是网络问题，来回测试即可。当然很多用户会很顺利，一步就安装成功，这里肯定是不会顺利安装成功的。不出意外，这里出现了报错，我们仔细观察一下报错信息，红色框框出来的就是缺少的依赖，一个一个装即可第一个loe包下载，本地安装，这个包没有搜到安装命令，直接本地装即可上传数据上传后安装成功第二个包plumber 一般看到镜像包，我都会先用在线安装，他会自动安装一些依赖，如果在线安装失败，就会选择下载压缩包，进行手动安装。两个依赖包都安装成功后，接下来就是重新安装VISION包一样的操作，不要选择更新，所以输入3 又开始报错，这个报错，说明这个包版本旧了，要重新安装安装成功再次安装VISION包这时候就安装成功了接下来安装scMetabolism包不要更新，直接输入3 是不是这时候就安装成功了，加载R包查看装包是一个过程，学着看报错的信息，一步一步的进行，遇到报错不要着急，越慌越乱，我们装包都装了十来年了，在我们眼中，装包就是解决依赖的问题，依赖解决了，所有的结果都会顺利的带来！

Rstudio怎么装scMetabolism包

菜鸟小白

今天安装的是scMetabolism包，我们之前也曾介绍过安装R包先知道R包时存储在哪个平台上，是github,cran还是bioconductor？
我们常规的做法就是先百度搜

这个很明显就是github包，直接点进去
拉下去会看到

这个包的依赖比较多，我们需要一个一个安装
首先运行

install.packages(c("devtools", "data.table",
 "wesanderson", "Seurat", "devtools", "AUCell",
  "GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd"))

之前，需先加载这几个包，是不是都存在，不存在的再去安装
检验R包是否存在

library(devtools)
library(data.table)
library(wesanderson)
library(Seurat)
library(AUCell)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(ggplot2)
library(rsvd)

可以多运行几次，这就说明这些依赖都有了

接下来运行
devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0")

等待，直到出现，默认选择3，就是不做更新，当然这时候，有可能会失败，就是网络问题，来回测试即可。

当然很多用户会很顺利，一步就安装成功，这里肯定是不会顺利安装成功的。
不出意外，这里出现了报错，我们仔细观察一下报错信息，红色框框出来的就是缺少的依赖，一个一个装即可

第一个loe包

下载，本地安装，这个包没有搜到安装命令，直接本地装即可
上传数据

上传后

安装成功

第二个包plumber

一般看到镜像包，我都会先用在线安装，他会自动安装一些依赖，如果在线安装失败，就会选择下载压缩包，进行手动安装。

两个依赖包都安装成功后，接下来就是重新安装VISION包

一样的操作，不要选择更新，所以输入3

又开始报错，这个报错，说明这个包版本旧了，要重新安装

安装成功

再次安装VISION包

这时候就安装成功了

接下来安装scMetabolism包

不要更新，直接输入3

是不是这时候就安装成功了，加载R包查看

装包是一个过程，学着看报错的信息，一步一步的进行，遇到报错不要着急，越慌越乱，我们装包都装了十来年了，在我们眼中，装包就是解决依赖的问题，依赖解决了，所有的结果都会顺利的带来！