菜鸟小白 首先获取安装命令，百度搜 devtools::install_github("zhanghao-njmu/SCP") 不要更新，选择3或者直接回车 不出意外报错 报错信息为缺少R.cache包，百度搜，重新安装 继续安装SCP 等待安装成功即可 到这里结束了吗？没有，scp包内嵌了conda的一个python环境。需要单独进行配置 首先，我们下载miniconda ，安装 wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 这里安装就省略了，默认安装在家目录下 将下面的文件保存为scp.txt文件 leidenalg==0.10.1 numpy==1.21.6 numba==0.55.2 matplotlib==3.6.3 palantir==1.0.1 pandas==1.3.5 python-igraph==0.10.2 scanpy==1.9.5 scikit-learn==1.3.2 scipy==1.10.1 scvelo==0.2.5 wot==1.0.8.post2 trimap==1.1.4 pacmap==0.7.0 phate==1.0.11 bbknn==1.6.0 scanorama==1.7.4 scvi-tools==0.20.3 首先用conda 创建SCP_env的环境 conda create --yes --name SCP_env python=3.8 conda activate SCP_env 安装 pip install scp.txt 这时候就是缺少装啥了 如： 这里就是下载vidia_cusparse_cu12-12.5.3.3-py3-none-manylinux2014_x86_64.whl出现问题 如果从百度搜，下载同样版本的 点击下载，然后上传到服务器上 本地安装 pip install nvidia_cusparse_cu12-12.5.3.3-py3-none-manylinux2014_x86_64.whl 重新再进行pip install scp.txt 什么时候安装成功了呢？ 看着是不是很简单，然而并不是，R里面内嵌conda，python的环境，一般都是需要单独去配置的，尤其是python的环境，很多依赖包都必须是指定的版本
