一、单细胞工具介绍:
我们的单细胞分析工具主要分为四个部分
1、第一部分:单细胞基本分析及可视化
此部分分析,主要是针对原始数据(count),进行常规的质控过滤,聚类和基因表达强度,添加注释信息
在这里为什么要进行过滤,我们常见的上限阈值和下限阈值到底是用来过滤什么的呢?
一个是用来过滤细胞碎片,一个是用来过滤多细胞聚体(就是我们俗称的双细胞)
2、第二部分:高级分析的准备
此部分分析,主要是用来过滤基本和高级分析。有的用户,可能是在本地做的基本分析,但是由于内存,线程等原因,无法完成特定的分析(如cellchat分析),这时候可以将基本分析获取的seurat对象保存为rds文件,上传后,进行分析。
当然在这一步中,我们也融入了提取部分进行进行二次聚类的分析,这个分析在目前来说,也是非常重要的。如这里我们想选择成纤维细胞进行分析,这时候,针对成纤维新进行二次聚类。
3、第三部分:高级分析
这里包含了很多工具,如自动注释,cellchat 细胞通讯分析,monocle估计分析等等
4、第四部分:高级分析的可视化
这一部分目前还在优化和完善中,我们将对可视化部分进行修整